Die Finanzaufsichtsbehörde, die am 1. Januar 2002 eingerichtet wurde, hat die Funktionen der Bankenaufsichtsbehörde der Eesti Pank und der Versicherungsaufsichtsbehörde und der Wertpapieraufsichtsbehörde des Finanzministeriums vereint. Sie ist eine Finanzaufsichts- und Krisenbewältigungsbehörde mit eigenständigen Zuständigkeiten und einem eigenen Budget, die im Auftrag des estnischen Staates arbeitet und in ihren Entscheidungen unabhängig ist