До 2002 года в Германии регулирование финансовой отрасли осуществлялось тремя отдельными учреждениями. В мае 2002 года после принятия закона о финансовых услугах и интеграции был образован BaFin. Цель этого закона и слияния трех учреждений заключалась в создании единого интегрированного финансового регулятора, который мог бы охватывать все финансовые рынки. Объединенными агентствами были Федеральное управление банковского надзора, Федеральное управление по надзору над торговлей ценными бумагами и Федеральное управление по надзору над страхованием.Бафин получил дополнительную ответственность после принятия "Закона о банковской деятельности" в 2003 году с целью повышения защиты клиентов и улучшения репутации немецкой финансовой системы. Дополнительные полномочия включали мониторинг кредитоспособности финансовых учреждений и сбор подробной информации о них. Именно эта сфера ответственности была разделена с Bundesbank. В настоящее время BaFin переживает своего рода переходный период, поскольку ответственность за банковский надзор берет на себя Европейский Центральный банк.